Am 20. Juni 1898 wurde die 14,18 km lange Schmalspur Bahnstrecke von Wernigerode nach Drei Annen Hohne eröffnet. Die Konzession hatte die Nordhausen-Wernigeroder Eisenbahn. Der Schmalspurbahnhof schließt unmittelbar an den Normalspurbahnhof an. Neben einer Rollbockanlage (gibt es seit 1963 nicht mehr) zur Übernahme der Güterwagen, verfügt der Schmalspurbahnhof über ein eigenes Bahnbetriebswerk und Güteranlagen. 1938/39 wurde das alte Empfangsgebäude abgerissen und der neue Pavillon als Stationsgebäude am 15. Dezember 1939 eingeweiht.1997/98 wurde das Empfangsgebäude saniert.