Der schmalspurige Bahnhof der Gernroder-Harzgeroder Eisenbahn wurde bei Fertigstellung des 9,3 km langen Abschnitts von Silberhütte am 1. Juni 1890 in Betrieb genommen. Vor dem Weiterbau in Braunschweigisches Hoheitsgebiets, war Güntersberge Endbahnhof und war Sitz der Bahnmeisterei. Der heutige Haltepunkt verfügte damals über Lokomotivbehandlungsanlagen, einen Lokschuppen, Wasserkran und einen Güterschuppen. Die 8,6 km lange Bahnverbindung nach Stiege wurde am 1. Dezember 1891 eröffnet. Das alte Empfangsgebäude wurde später für andere Zwecke genutzt. Den Güterschuppen baute man als Wartehalle um.